A Fema possui 04 (quatro) laboratórios com suporte para o ensino e pesquisa em Química. O Laboratório de Química Geral e Física dispõem de 55m², servindo de suporte para as aulas das disciplinas de Química Geral, Química de Alimentos e Física. O Laboratório de Química Orgânica  dispõe de 55m², e serve de suporte para as aulas das disciplinas de Química Orgânica e Análise Orgânica e Química Analítica Qualitativa. Já o Laboratório de Físico-Química dispõe de 55m², e serve de suporte para as aulas das disciplinas de Físico-Química e Análise instrumental e Química Analítica Quantitativa. O Laboratório de Microbiologia dispõe de 40m², servindo de suporte para as aulas das disciplinas de Microbiologia e Fermentação Industrial, Química de Alimentos e disciplinas do curso de Enfermagem.

A Instituição conta ainda com o Laboratório de Iniciação Científica, o qual dispõe de 25m², servindo de suporte para os trabalhos de Iniciação Cientifica, Trabalhos de Conclusão de Curso e todas as disciplinas do curso de Química.

O Laboratório de Química conta também com dois almoxarifados de reagentes, disponíveis para os experimentos.