A Fema oferece à comunidade acadêmica e regional, modernos laboratórios de ensino, onde se realizam as práticas científicas e o aprimoramento profissional. Nesse contexto, a Instituição dispõe de mais de 1400m² de laboratórios, que atendem a todos os cursos.
Cada curso possui laboratórios específicos, disponibilizando equipamentos de última geração e possibilitando ao aluno a prática profissional, além de oferecer estágio em diversas atividades.
- Agência de Publicidade
- Comunicação em Rádio e TV
- Eletrônica Digital
- Núcleo de Práticas Gerenciais
- Enfermagem
- Estúdio de Fotografia
- Informática
- Núcleo de Prática Jurídica
- Prática em Ciências da Saúde
- Química
- Redes e SO
A “Agência Geração Propaganda”, é uma agência laboratorial do Curso de Publicidade e Propaganda, e tem caráter pedagógico e de extensão. Desenvolve projetos nas áreas de Atendimento, Planejamento, Criação (Redação e Arte), Mídia, Assessoria de Comunicação e Pesquisa de Mercado e Fotografia. Possui área construída de 36 m².
O Laboratório de Eletrônica Digital (LED) tem como objetivo atender às disciplinas dos cursos de base tecnológica e computacional do IMESA, bem como dar apoio aos professores e alunos no desenvolvimento de trabalhos práticos, de ensino e pesquisa. Para tanto, possui uma capacidade de atendimento para 30 alunos e funciona nos períodos diurno e noturno.
O Núcleo de Práticas Gerenciais é um laboratório de práticas da área de Ciências Gerenciais. Sua criação ocorreu em agosto de 2002 sob a denominação de FEMA Júnior Consultoria com o intuito de aprimorar os alunos na vivência empreendedora.
O Laboratório de Enfermagem possui área física de 133,92 m², equipado com materiais para as técnicas em Enfermagem destinadas às disciplinas teórico-práticas, oferecendo aos alunos a oportunidade de aprimoramento na assistência direta ao paciente/cliente, com autoconfiança e técnicas de enfermagem com qualidade e fundamentação científica. As disciplinas contempladas são: Anatomia e Fisiologia Humanas, Citologia, Embriologia, Histologia, Fundamentos e Técnicas de Enfermagem, Genética Humana, Microbiologia e Parasitologia, Farmacologia, Bioquímica, Administração em Unidades de Saúde e de Enfermagem, entre outras. Conta com modernos equipamentos que permitem o treinamento de procedimentos de enfermagem a cada grupo de alunos, orientados por especialistas, com base em princípios éticos e humanísticos. 
Laboratório de Fisiologia do Exercício
Laboratório de Práticas de Fisioterapia
A Fema possui 04 (quatro) laboratórios com suporte para o ensino e pesquisa em Química. O Laboratório de Química Geral e Física dispõem de 55m², servindo de suporte para as aulas das disciplinas de Química Geral, Química de Alimentos e Física. O Laboratório de Química Orgânica dispõe de 55m², e serve de suporte para as aulas das disciplinas de Química Orgânica e Análise Orgânica e Química Analítica Qualitativa. Já o Laboratório de Físico-Química dispõe de 55m², e serve de suporte para as aulas das disciplinas de Físico-Química e Análise instrumental e Química Analítica Quantitativa. O Laboratório de Microbiologia dispõe de 40m², servindo de suporte para as aulas das disciplinas de Microbiologia e Fermentação Industrial, Química de Alimentos e disciplinas do curso de Enfermagem.